1、 线路长度不同
百公里耐力跑顾名思义100公里跑，至少也是80公里的路程。马拉松是42.195公里。

2、 路面状况不一样
百公里耐力跑又称100公里山地纵走，路程中主要一部分是山路跑，这里的山路是户外驴友爬山的野山、放羊走的崎岖小路，路面凹凸不平，上面不仅有渣土还有大小不等的石子。马拉松主要是城里的柏油公路，路面平整，一马平川。